Иньеста перешел из молодежки «Альбасенте» в «Барселону» U17 в 1996, дебютировал за «основу» в 2002-м. В чемпионатах Испании хавбек забил 35 мячей в 442 матчах, выиграв девять чемпионских титулов. На его счету четыре победы в Лиге Чемпионов. В 2012-м Иньесту признали лучшим игроком Европы по версии УЕФА. За 16 лет полузащитник завоевал 32 трофея на клубном уровне.
В 2020-м в городском парке Альбасенте планируют открыть памятник Иньесте.
Минувшим летом Иньеста подписал двухлетний контракт с японским «Виссел Кобе» на правах свободного агента. В 14 матчах «Джей-Лиги» забил три мяча и отдал три результативные передачи.